Ο κερατόκωνος χαρακτηρίζεται από λέπτυνση του στρώματος του κερατοειδούς και προβολή του προς τα έξω δίκην κώνου. Η ανωμαλία του σχήματος του κερατοειδούς προκαλεί μεγάλο και ανώμαλο αστιγματισμό. Συνιστάται η χρήση σκληρών φακών επαφής που επιπεδώνουν τον κώνο.  Ο κερατόκωνος είναι μια προοδευτική πάθηση με αποτέλεσμα ο κώνος να μεγαλώνει και το στρώμα του κερατοειδούς να λεπτύνεται περαιτέρω. Το στρώμα του κερατοειδούς έχει ως πρωταρχική λειτουργία την απομάκρυνση του ύδατος από το εσωτερικό του κερατοειδούς και τη διατήρηση του ως διαυγές διαθλαστικό μέσο. Η προοδευτική εξέλιξη του κερατόκωνου οδηγεί σε αδυναμία της διατήρησης του κερατοειδούς στεγνού με αποτέλεσμα να θολώνει ο κερατοειδής και να δημιουργείται έτσι ο αποκαλούμενος ύδρωπας. Σε αυτή την περίπτωση το μόνο που μπορούμε να κάνουμε είναι η μεταμόσχευση κερατοειδούς. Για να το αποφύγουμε αυτό σε ασθενείς νεότερους στην ηλικία συνίσταται η θεραπεία cross linking. Με αυτή τη θεραπεία επιθέτουμε στον κερατοειδή μια ουσία που ονομάζεται ριβοφλαβίνη και εν συνεχεία με ειδικό laser προκαλείται αναδιάταξη των δοκίδων του κερατοειδούς και της ουσίας αυτής οδηγώντας σε σημαντική σκλήρυνση του κερατοειδούς και μειωμένες πιθανότητες εμφάνισης ύδρωπα. Σε μεγαλύτερους σε ηλικία ασθενείς δεν συνίσταται αυτή  η θεραπεία διότι ήδη συμβαίνει σκλήρυνση του κερατοειδούς δια της φυσικής οδού.

Οι δυστροφίες κερατοειδούς αφορούν στο επιθήλιο, το στρώμα ή το ενδοθήλιο του κερατοειδούς. Μπορεί να είναι κληρονομικές ή και εκφυλιστικές λόγω ηλικίας. Μπορεί να είναι ασυμπτωματικές ή και να προκαλούν σημαντική μείωση της όρασης. Συνήθως οι δυστροφίες που έχουν να κάνουν με τη διάταξη των ινών κολλαγόνου στο στρώμα του κερατοειδούς είναι ασυμπτωματικές και απλά ανευρίσκονται στην εξέταση από τον οφθαλμίατρο. Οι δυστροφίες που αφορούν στο επιθήλιο ή ενδοθήλιο του κερατοειδούς συνήθως προκαλούν σημαντική μείωση της όρασης. Χρειάζεται προσοχή όταν αποφασίζεται επέμβαση καταρράκτη σε έναν ασθενή με δυστροφία κερατοειδούς γιατί η χρήση του υπέρηχου κατά την εγχείρηση μπορεί να επιδεινώσει τη δυστροφία. Συντηρητικά μέσα αντιμετώπισης των δυστροφιών δεν υπάρχουν παρά μόνο σε συγκεκριμένες περιπτώσεις χρήση θεραπευτικών φακών επαφής ή υπέρτονων κολλυρίων για να μειώσουν τη θόλωση. Θεραπευτικά το μόνο που μπορεί να γίνει είναι μεταμόσχευση κερατοειδούς. Ενώ στο παρελθόν η μεταμόσχευση αφορούσε το ολικό πάχος του κερατοειδούς σήμερα χρησιμοποιούνται οι τεχνικές DMEK και DSEL κατά τις οποίες μεταμοσχεύεται μόνο το πάσχον τμήμα. Έχουν γρηγορότερη μετεγχειρητική αποκατάσταση και καλύτερο λειτουργικό αποτέλεσμα.